保稅物流中心具有保稅、物流的內陸口岸的獨特功能，運作模式主要為如下幾種：第一種：從國外進境——保稅區（倉儲保稅）——進入國內（可以分批完稅入境）這種模式需進行兩次申報，一般情況下所有產品進境進行動植物檢疫和衛生檢疫申報，出區進行應檢物檢驗申報。第二種：從國外進境——保稅區——出境（復出境）。第三種：從國外進境入區直接入境國內（主要發揮物流和陸運口岸作用）。
   
    第四種：從國內出口——保稅區（保稅儲存）——出境。第五種：從國內出口——保稅區——入境（復進口）。第六種：從國內出口入區直接出境（主要發揮物流和陸運口岸作用），視同一般貨物出口檢驗檢疫。